Vom Rettungssanitäter über das Spital bis zur Spitex – überall entstehen Fragen der Zusammenarbeit, Finanzierung und Zukunft der Gesundheits­versorgung. Diese Fragen laufen im Generalsekretariat zusammen. Hier treffen Politik und Alltagsgeschäft aufeinander, hier arbeitet der Direktionsvorsteher mit seinen engsten Mitarbeitenden. Gemeinsam werden Entscheidungs­grundlagen für Regierungsgeschäfte geschaffen und Vorstösse aus dem Kantonsrat bearbeitet. Es gilt gesundheits­politische Fragen mit internen Fachleuten und mit Partnern aus Politik, Wirtschaft oder Gesundheitswesen zu diskutieren und Projekte zu lancieren. Dem Generalsekretariat steht Generalsekretär Martin Brunnschweiler vor.

Auch die Abteilung Kommunikation ist im Generalsekretariat zu finden. Hier geht es zum Mediencorner der Gesundheitsdirektion.

Die kantonale Ethikkommission ist administrativ dem Generalsekretariat angegliedert.